أمضى القائد أبو علي شاهين خمسة عشر عاماً في سجون الاحتلال إثنا عشر عاماً منها في السجن الإنفرادي، كانت بمثابة تجربة نضالية فريدة من نوعها منذ دخولة الأسر في 25_9_1967حتى الإفراج عنه في 23_9_1982، أبدع فيها أبو علي شاهين بإبتكار وسائل وأهداف لمواجهه الإحتلال من داخل السجون، وساهم في تطوير العمل التنظيمي في السجون.
كان أبو علي شاهين منذ لحظه دخولة سجون الإحتلال بمثابة الأب والأخ لجميع الأسرى وعمل على رفع معنوياتهم وتثقيفهم وزرع بذور الثورة والنضال، فبرز إسمه كقائد وفدائي كسب إحترام الجميع وإمتلك نفوذ كبير ومكانة هامة في حياة الاسرى متحمسين لتوجيهاته ومؤمنين بافكارة، فكانت بداية تأسيسه للأنشطة التنظيمية من داخل سجون الاحتلال.
أسس من خلال خبرته وأفكاره وأدبياته النضالية، حركة المقاومة الإعتقالية، وعمل مع عدد من أبناء حركة فتح على التوعية الفكرية والسياسية وبناء الثوابت الوطنية والثورية لدى الأسرى، وعمل على التوعية الفكرية حول عمل مخابرات الاحتلال وأساليب التحقيق والتعذيب مع الأسرى للحصول على المعلومات وانتزاع اعترافات، رغم أنه كان يتنقل من سجن الى أخر بسبب أنشطته التنظيمية والفكرية الثورية.
أقام أبو علي شاهين في سجن نابلس أول احتفال بانطلاقة الثورة الفلسطينية المعاصرة في 1-1-1969 ووزع البيان الأول وأذاعه في جميع غرف السجن، وتلاه الاحتفال بذكرى معركة الكرامة.
قام أبو علي شاهين بتشكيل خلايا عسكرية داخل المعتقلات وساهم في تطوير صحيفة عسقلان الثورة لحركة فتح، أول صحيفة داخل المعتقلات، وكانت تكتب على ورق أكياس اللبن وتوزع في السجن، وأقام عدة محاضرات تنظيمية وثقافية للاسرى، وقاد أول إضراب عن الطعام عرفتة سجون الاحتلال في عام 1970، وتلاها العديد من الأضرابات جاعلاً من جسده العاري سلاحاً قوياً لكسب الحقوق المسلوبة وكسر حاجز الخوف لدى الأسرى وكان انجازاً ومنعطفاً تاريخياً في تجربة الحركة الأسيرة.
قاد أبو علي شاهين عدة إضرابات عن الطعام أطولها إضراب سجن عسقلان في عام 1976 واستمر 45 يوماً وإنتهى بنقله الى سجن شطة ثم نفحه الصحراوي الذي قاد فيه ثاني أطول إضراب عام 1980 واستمر ثلاثة وثلاثين يوماً حيث بدأ الإضراب بعد نقله من السجن بيوم وشمل الإضراب العديد من المعتقلات والضفة الغربية وقطاع غزة ووصلت أصواتهم الى قاعات الأمم المتحدة ومجلس الأمن مطالبين بتحسين المعتقلات رافعين شعار "نعم لألام الجوع ولا لألام الذل والخنوع".
تعرض أبو علي شاهين للكثير من الإعتدائات والتعذيب والحبس الإنفرادي ومحاولات القتل وتعمد الإهمال الطبي بحقه وتفشي الأمراض داخل السجون، لكن بصلابة معنوياته وقوة إرادته فرض معادلة جديدة بكسر شوكة الاحتلال وأسقاطه من داخل السجون و كسب التضامن الشعبي مع قضية الأسرى وفضح جرائم الاحتلال وتسليط الضوء على معاناة الأسرى من خارج سجون الاحتلال.
رحل أبو علي شاهين عنا جسداً وبقيت تجربته النضالية بتحويل سجون الإحتلال إلى أكاديميات تنظيمية وتعليمية تتحدى الإحتلال من داخل السجون وتقدم الشهداء الأسرى رفضاً للذل والخنوع حتى الأن.